中心架構共設有主任、副主任、顧問、執行長、各組顧問及其研究團隊，研究團隊共分為四組，共同執行各項研究、專案、服務、與國際合作的事務。 

 本中心之組織架構可依照其研究性質與功能類別歸納為四大類組，分別為：
 
「都市大眾運輸組」(Urban Public Transportation)

「機動力管理組」(Mobility Management)

「智慧科技應用組」(Intelligent Technology Application)

「永續運輸規劃組」(Sustainable Transportation Planning)
 
 
  中心架構圖如下圖所示：
 
 
 先進公共運輸研究中心組織架構